Автономная некоммерческая организация «Японский Центр» состоит из семи Японских Центров в Москве (2 центра), Санкт-Петербурге, Нижнем Новгороде, Хабаровске, Владивостоке и Южно-Сахалинске.
Работа указанных центров строится в соответствии с «Меморандумом между Правительством Японии о деятельности на территории Российской Федерации Японского центра по техническому содействию проводимым в Российской Федерации реформам» от 29 июня 2003 года.
